中小企业在制定内部控制制度时，应遵从以下原则：

相互牵制原则

相互牵制既是内部控制的一个基本方法，也是内部控制的一项基本原则。内部控制应当保证单位内部机构、岗位及其职责权限的合理设置和分工，坚持不相容职务相互分离，确保不同人员和岗位之间权责分明、相互制约、相互监督，应避免一个人对某一项业务可以单独处理，或有绝对控制权，而必须经过其他人或部门的审查、核对，以最大限度地减少错误和舞弊现象的发生。当然，中小企业由于人员有限，不可能象大企业那样实行严格的相互牵制制度。但是仍应当避免一个人包揽一项业务的整个过程，可以采取相互交叉复核，定期检查或指定专人审核的办法，使各人都无法方便地进行舞弊行为。

成本效益原则

内部控制的任何分工、审核、制衡，都必须考虑是否符合成本效益原则。如果分工和制衡的成本高于其效益，则不应当采用该项控制。判断一项控制的成本效益，并非易事，而往往需要较多的主观判断。需要指出的是，判断一项控制是否符合成本效益原则，应当站在企业整体利益的角度上考虑。如尽管一些控制会影响工作效率，但对整个企业来讲，如果不采用该项控制，则可能对企业造成更大损失，则仍应实施该项控制。

时效性原则

内部控制随着企业内外环境的变化，其效果也会发生变化。因此，企业主（或相关人员）应当适时对内部控制进行评估，以发现可能存在的重大缺陷，并采取措施予以补救。

重要性原则

对企业成败有直接影响，如影响盈亏、成本的重要事项，严格控制；次要的事项，根据企业的能力限制，简单控制或不控制。

灵活性原则

中小企业行业分布广，各有特点，因此，在制定内部控制制度时，不能照般其他企业的做法，而应当根据本企业业务、规模等特点，灵活地制定适合本企业情况的控制制度。

领导（业主）重视原则

中小企业中个体私营企业居多，家族式企业居多，这样的企业，内部控制的成败很大程度上决定于领导或企业主的重视和执行程度，如果领导或企业主对内部控制不重视，或自身置于内部控制之外，随便变更、存废控制制度，将造成内部控制制度失效。

由于小企业人员、资源有限，无法像大公司那样建立全面系统的内部控制，但小企业仍然应当建立最基本的控制制度，以保证企业目标的实现，提高企业的抗风险能力。中小企业应建立以下基本的内部控制制度：

1：对于记账、出纳、保管等不相容业务，应尽量由不同人员担任。如人员有限，也应保证管账的不管钱，管钱的不管账。同时应建立复核制度。
  2：明确职责划分，做到既不留死角又使各个岗位和人员之间不交叉、冲突。应让每个员工了解自己的工作和要求。应当明确授权部门和人员的权限，禁止越权。并制定有明确的奖惩办法，对违反企业管理制度的员工按规定进行处罚。在不能做到职责划分的情况下，应当加强事后的检查监督

3：建立成本控制制度。企业应制定成本费用标准，分解成本费用指标。并经常对成本进行分析，考核成本费用指标的完成情况，找出成本差异的原因。企业可以制定标准成本，如果由于条件所限，不可能实行完全的标准成本制度，可以只制定重要成本项目的标准。

4：制定明确的预算管理办法，进行预算控制，或起码对重要的项目编有预算。在季末或年末，应将实际业绩与预算相对比，找出差距，查明原因并采取措施加以纠正或修订预算。

5：建立实物盘点制度。定期盘点存货等实物资产，并将其与记录相比较，看是否存在缺损现象，并查明原因。